緊急避孕藥有較多副作用，包括影響排卵、損傷卵巢、破壞內分泌功能。故口服緊急避孕藥后，會產生不同程度的月經不調、內分泌失調、異常子宮出血。口服緊急避孕藥的副作用具有個人差異性，建議事先避孕，減少服用緊急避孕藥。緊急避孕藥的避孕成功率并不是100%，亦有失敗的小概率事件發生。口服緊急避孕藥的目的是避孕，在同房后的72小時內服用高效孕酮類的孕激素，可直接影響排卵和宮頸黏液，影響精子從宮頸進入子宮的過程。若緊急避孕藥不影響排卵，不能成功避孕，則沒有必要服用緊急避孕藥。