心房肥大的治療關鍵是要找到導致心房肥大的原因，積極治療原發疾病。最早發現心房肥大有可能是心電圖的描述，也有可能是超聲心動圖的描述。有時心電圖描述為心房肥大，并不一定真的是心房內徑的擴大，需要心臟超聲進一步來證實。如果超聲心動圖證實了心房確實肥大，還需要進一步明確心房肥大的原因，確定是先天性心房肥大，還是慢性心肌缺血、瓣膜病變導致的心房肥大。常見的心房肥大原因有擴張性的心肌病、缺血性心肌病、肺源性心臟病、高血壓性心臟病、病毒性心肌炎后遺癥等，這都需要積極治療原發病。如果心房肥大又合并房撲和房顫，還需要額外抗凝治療和穩定心率的藥物治療。