HPV疫苗盡早打效果最好，感染了HPV以后再打疫苗效果可能不會很好，因為HPV一旦感染會在體內潛伏，機體免疫力比較強的時候會抑制病毒DNA在體內復制，甚至可能會轉陰。 已經有HPV感染的婦女，接種HPV疫苗不能消除體內已經潛伏的病毒，病毒會在體內，除非病毒會自行轉陰。HPV病毒感染以后，即便是接種疫苗也很難再起到預防病毒感染的目的。 但是HPV疫苗不是預防單一類型病毒感染，可以參考所接種疫苗中預防病毒的類型，如果感染的僅是其中一種類型，疫苗對于其它未感染的類型還有一定的預防作用。