進食障礙的患者常常有治療動機不足，抵觸甚至拒絕治療的問題存在。嚴重的低體重患者，常常因為加重了病態歪曲的認知，而加大了治療障礙、加大了治療難度；對體重指數15以上，沒有其它嚴重的合并癥而且有治療動機的患者，可以嘗試在門診強化治療。如果治療有效就可以繼續治療，否則就需要住院治療。住院治療主要解決嚴重營養不良，嚴重合并癥。增強患者對疾病的認識，增強治療動機，保證出院之后的后續治療成為可能。 門診治療常常需要持續一年甚至更長的時間。治療主要包括軀體輔助治療，包括營養重建和治療并發癥。心理治療包括行為治療，支持治療、認知治療以及家庭治療等。精神藥物的治療主要是對癥治療，應該選用不良反應比較小的藥物，而且劑量要從小劑量開始為宜。