叢集性頭痛的發作密集且發作時間固定 ，好發于男性，且發作時間固定。而頭痛性癲癇發作無固定時間，但發作時必有誘發因素，如外界刺激、心理因素、壓力等。頭痛性癲癇會出現肢體的表現，而叢集性頭痛是患者的自身感受。叢集性頭痛的部位在眉眶周圍和兩部顳側較多，而癲癇頭痛會類似于偏頭痛。頭痛性癲癇好發于小孩，對于孩子的智力、記憶力有一定影響。