痛經檢查時間要避開經期，如果在月經來潮時檢查，細菌可通過宮頸管到宮腔，引起子宮內膜炎，甚至通過輸卵管到盆腔造成盆腔炎、慢性輸卵管炎。原發性痛經患者需進行婦科檢查，排除陽性體征。婦科檢查分為雙合診和三合診，確認子宮陰道后穹窿有無痛性結節，子宮有無增大、質地，雙側附件區有無囊性損害，有無壓痛。無性生活史的病人則進行直腸指診及直腸彩超。如果B超、核磁、宮腔鏡檢查發現子宮內膜異位灶、子宮腺肌病，則屬于器質性痛經。