絕大部分舌咽神經痛病人經過手術治療之后，疼痛在手術后即可得到較好緩解，但是也有個別病人的疼痛有可能會在手術后會有延遲的情況，稱為延遲治愈。導致舌咽神經痛較為常見的原因，就是舌咽神經傳導通路上，各個階段有可能受到各種原因刺激神經之后引起疼痛，比如在神經出入腦干區血管壓迫的過程。手術主要的方法就是解除通路上的壓迫，如果是出入的腦干區血管壓迫時，首先要解除血管壓迫。由于在做手術的過程中，血管或其他因素對神經的擠壓可能較為長期，神經組織之間可能會有部分粘連，在解除壓迫的過程中，不可避免的對此類神經進行騷擾，騷擾之后有可能會出現水腫。水腫有可能本身就是神經的病變引起疼痛，因此有時部分病人舌咽神經痛手術之后，疼痛可能還會存在幾天，是短期的殘存。絕大部分病人的疼痛，在手術之后即可得到較好、即刻的緩解。