呼吸衰竭預后與疾病嚴重程度相關，是否積極、合理治療對預后影響較大。慢性呼吸衰竭相比急性呼吸衰竭預后較好。慢性呼吸衰竭患者，由于長期缺氧和二氧化碳潴留，患者產生耐受情況，能夠維持正常生活，如慢性阻塞性肺疾病、慢性呼衰的患者。急性呼吸衰竭較嚴重，氧分壓到40mmHg，患者失去正常活動能力，甚至會出現意識障礙情況。另一種較嚴重呼吸衰竭稱為急性呼吸窘迫綜合征，經過各種積極治療，可能都無法挽救患者生命。因此，對于急性呼吸衰竭，預后相對較差。