胃鏡檢查是十二指腸潰瘍診斷的金指標，通過胃鏡可看到十二指腸內潰瘍面的位置、大小、數量等。另外，還可檢查酶類，如胃蛋白酶等。由于大部分胃潰瘍患者存在幽門螺桿菌感染，且量較高，故需做胃鏡加碳13或碳14檢查，可反應口腔到十二指腸幽門螺桿菌的總量，以幫助臨床確定用藥。臨床上，抗幽門螺桿菌的抗生素耐藥性發病率高，若檢查發現菌量較低，不主張使用抗生素，若菌量多，可考慮聯合用藥。