尿液中如果出現小圓上皮細胞，可能為腎小管上皮細胞，也可能為底層移行上皮細胞，因為在光鏡下難以區別，所以統一報告為小圓上皮細胞。腎小管上皮細胞來源于腎小管，如果在尿液中出現，提示著腎小管病變的可能。而某些炎癥的時候，腎小管上皮細胞會出現脂肪變性，胞質中會出現脂肪顆粒，稱為腎小管上皮脂肪顆粒細胞。在腎移植術后，觀察腎小管上皮細胞，來明確是否存在排異反應。底層移行上皮細胞屬于移行上皮細胞的一種，其它類型還見于表層移行上皮細胞，主要來源于膀胱，中層移行上皮細胞主要來源于腎盂，而底層移行上皮細胞主要來源于輸尿管、膀胱和尿道。如果在輸尿管、膀胱和尿道發生感染、炎癥改變，尿液中就會出現底層移行上皮細胞。如果尿液中大量出現的時候，就需要警惕有沒有移行細胞癌的可能，需要結合其它輔助手段進行鑒別。