臨床上扁平疣的治療主要采用外用維A酸軟膏、咪喹莫特軟膏及冷凍療法和激光療法。一般選用濃度為0.5%-1%的維A酸軟膏，需要避光使用，早上或者白天涂抹藥膏之后建議不要曬太陽，需注意防曬以免產生刺激癥狀。對于大面積扁平疣的皮損，可以輔助抗病毒的藥物及調節免疫的藥物，臨床上可靈活地選用不同的治療方法。具體用藥請結合臨床，由醫生面診指導為準。