子宮內膜異位癥的發病機理是位于子宮內膜的正常活性子宮內膜細胞，通過輸卵管異位到其它部位，主要原因是由于激素的周期性變化導致子宮內膜的改變。如改變激素周期性的分泌，子宮內膜異位癥的癥狀則會得到較明顯改善。如懷孕后內膜異位病灶在孕激素作用下出現萎縮的狀態。通常女性分娩后，其癥狀會有明顯改善。此外，婦女絕經后卵巢不分泌雌激素和孕激素，子宮內膜異位癥的癥狀則會消失。