嬰兒腹瀉發燒常由引起腹瀉的致病菌導致的感染中毒癥狀，以及腹瀉脫水造成。臨床治療應確定病因，給予對癥治療。如為細菌感染引起，則應用抗生素治療；若為脫水引起，可給予口服補液鹽或靜脈補液治療。此外，亦可進行微生態療法，給予腸道益生菌或蒙脫石散等胃腸黏膜保護劑。若發熱達38.5℃以上，則應給予口服退熱藥物治療；若發熱低于38.5℃，則采取物理降溫即可。