乳腺囊腫的預后與其性質有關，如單純乳腺囊腫預后較好，對身體無較大影響；如乳腺囊腫惡變，即乳腺癌，預后情況與治療方式、病情程度有關，整體預后較好，5年生存率可達80%-90%。乳腺囊腫治療方法包括手術治療、放射治療、化療、內分泌治療、靶向治療，目前臨床治療技術較成熟，療效確切。多數腫瘤早期治療效果較好，建議女性重視乳房健康，定期體檢，做到早發現、早治療。