睪丸疼痛的原因復雜，50%患者無法找到確切病因，稱為特發性睪丸疼痛，能夠找到明確病因的睪丸疼痛稱為繼發性睪丸疼痛。 常見的睪丸疼痛病因包括外傷、精索靜脈曲張、急性附睪炎、慢性附睪炎、睪丸扭轉、輸精管切除術后以及腹股溝疝修補術后。 需著重強調，輸精管結扎后也可能引起長期睪丸慢性疼痛。慢性非細菌性前列腺炎也可能引起睪丸慢性疼痛，又稱為慢性骨盆疼痛綜合征。