自體脂肪填充后遺癥主要是脂肪的結節和硬化，除此以外沒有其他并發癥，大部分出現于填充乳房，由于乳房需要較大量的脂肪填充才能達到效果，當填充量大時，脂肪因得不到及時地供養而逐漸被吸收，沒有完全被身體吸收代謝，在局部形成硬結、囊腫，面部也會出現類似情況，可能是手術操作時感染，造成術后局部炎癥，出現脂肪結節等。