腦膿腫晚期多依據膿腫部位、發展時期，而采用不同的外科治療手段。外科治療需結合其它全身治療，如抗生素治療、減輕腦水腫治療、全身營養支持治療等，較之前腦膿腫的治愈率有明顯提升，臨床多數患者通過系列治療后，療效較好。腦膿腫治療過程中的并發癥與侵犯的功能區相關，可引起偏癱、失語、神經功能障礙、神經功能缺失。如果細菌感染灶未得到有效壓制或徹底清除，則有復發可能。腦膿腫治療應盡可能將感染灶徹底清除，同時全程抗生素治療，才能獲得較高的治愈率。