反流性食管炎的療程是因人而異。一般的療程活動期的時候要4-8周，之后根據病情可以選擇按需服藥或者維持治療，如果口服質子泵抑制劑，可能口服2-3天，可能反酸、燒心的癥狀不再出現，但是活動期要按照療程服藥4周，可能食管黏膜的糜爛、潰瘍才能徹底愈合。所以在用藥的時候，不能根據癥狀自行調整用藥時間，臨床上許多患者吃藥后癥狀消失，覺得治愈了，就自行停藥，但是停藥后很快復發，所以要求按照療程一般要4-8周。 對于重度的反流性食管炎，停藥以后反復發作，或者有食管潰瘍的患者，可能至少要8周以后，還需要進行維持治療。維持治療的時間根據病情也是因人而異，原則上是不出現癥狀為止的最低劑量，才能維持治療。對于輕度的反流性食管炎，服藥到8周以后可以停藥，停藥以后如果再出現燒心或者反流癥狀，可以按需服藥，也就是出現不適的時候再吃藥。