小切口白內障手術并發癥較多，常見的是術后與切口相關的眼部不適的癥狀，包括異物感、干澀、怕光、流淚，這些是暫時性的現象，可通過藥物或時間緩解；另一種較罕見的并發癥是術后眼內感染引起的眼內炎，術前應點藥水，術后應按時復查，預防眼內感染的發生。從遠期來看，小切口白內障手術與微創超聲乳化白內障手術效果無明顯差別。