賁門間質瘤是發生于賁門區的胃腸道間質瘤類型之一。間質瘤的病灶位于肌層內，即特殊類型的肌肉組織與神經組織，Cajal細胞在胃腸道、泌尿道、呼吸道均存在，其DNA部分區段的堿基對出現缺失或錯位，將導致間質性腫瘤的發生。賁門間質瘤的發病率較高，但因研究徹底，治療效果理想。腫瘤體積較小時，可通過手術根治，隨著腫瘤體積的增大，惡變幾率也將增加。