臨床上，三叉神經痛開顱手術順利者，基本無嚴重后遺癥。但手術不順利，如分離過程中，因位置較深需通過巖靜脈結構，則較難處理，巖靜脈理論上可切除或結扎，但少數患者結扎巖靜脈后，造成嚴重并發癥，主要造成腦腫脹，目前手術已基本保留巖靜脈。臨床中還可因手術醫生經驗不足，出現分辨錯誤，三叉神經痛誤分至面神經或聽神經，此類情況比較少見。部分患者還可出現感染可能，但較少發生。