部分化療反應可以預防，部分可以通過用藥控制，大部分病人都可以耐受化療。化療是全身性治療，不僅作用于腫瘤細胞還作用于正常細胞，因此有一定副作用。腸癌化療過程中也會出現化療反應，包括比較常見的常規化療反應，如骨髓抑制，包括白細胞、血小板減低；胃腸道反應，如惡心、嘔吐、食欲減退等；還可能出現肝腎毒性、脫發等表現。 化療反應與腸癌患者所用特定化療藥有關，如使用希羅達在治療過程中可能出現手足綜合征，表現為肢端紅斑、觸痛性紅斑；用伊立替康患者可能會出現頑固性腹瀉；鉑類藥物可能會引起周圍神經損傷，比如周圍神經、肢體末端針刺感、麻木等。