再生障礙性貧血原因主要與自身免疫相關，部分患者與病毒感染相關，研究發現前期發生病毒感染情況，易干擾身體免疫系統，造成自身免疫功能紊亂，進而影響骨髓造血功能，形成再生障礙性貧血。部分患者因藥物引起繼發性再生障礙性貧血，如使用氯霉素后，易引起骨髓造血功能異常，出現再生障礙性貧血。部分患者因理化因素發病，如長期接觸射線。部分患者因接觸化學物質所致，如長期接觸苯、甲醛。