懷孕39周小腹部隱隱作痛，主要原因如下：一、宮縮：子宮收縮在39周時已經開始產生，孕婦對于宮縮的主觀感覺便是小腹隱隱作痛，痛感由弱漸強，由不規律到規律，由持續時間短到長，如果符合規律即屬于宮縮。宮縮一旦規律，則提示為臨產征兆，孕婦應及時入院待產。二、妊娠合并其他疾病：1、闌尾炎：如慢性闌尾炎、急性闌尾炎等；2、腸道痙攣：并且多伴隨腹瀉、惡心等胃腸道反應；3、輸尿管結石：通常伴隨尿常規改變；4、其他情況：孕期合并卵巢囊腫、子宮肌瘤，如卵巢囊腫發生扭轉以及子宮肌瘤發生變性時，均可引起小腹隱隱作痛癥狀。