動靜脈瘺手術風險與顱內所有血管疾病風險類似，風險均較大。由于動靜脈瘺血管畸形面積往往較大，且涉及的靜脈血管多較為粗大，是顱內重要的引流靜脈系統，若發生破裂出血，可導致手術視野模糊，增加手術難度。此外，亦可對小兒凝血系統產生較大影響。因此，嬰幼兒的顱內動靜脈瘺和腦血管疾病的外科手術治療風險較高，為手術難度Ⅳ級的手術病種之一，要求臨床醫生具備一定資質。