卵巢腹腔鏡手術的危害，首先要考慮對卵巢功能的影響。雖然腹腔鏡手術是微創、先進、且很成熟的一門技術，但是它的技術是用電器械或者熱器械，或多或少會影響卵巢的功能，特別是年輕的、有生育要求的女性術后更怕卵巢儲備功能的下降。 如果很小卵巢囊腫做開腹手術，肚子上會留8-10cm或6-8cm的瘢痕，很多人不愿意接受。另外，開腹手術剝除囊腫時或多或少也會引起卵巢正常組織的損傷、卵巢細胞的減少等。術后年輕的女性擔心的就是卵巢儲備功能下降，而腹腔鏡手術的危害更具隱匿性、潛在性。