HPV66型是高危型之一，但存在癌的幾率較小，所以單純的HPV66型陽性無需特殊的治療。如果出現HPV66陽性同時伴有TCT異常，如TCT可以觀察到不典型鱗狀細胞，存在低度上皮內病變或高度上皮內病變時就需要治療。所以單純的HPV66陽性要結合其他的檢查結果，來進行下一步檢查和治療。若存在其他異常，應進行陰道鏡檢查，觀察陰道或宮頸的上皮是否出現癌前病變的表現，若存在癌前病變表現，還要進行活檢來確診。單純的HPV66陽性只提示存在問題，需采取進一步檢查。若其他指標均正常，HPV66陽性可能無需治療，想要清除HPV66需要提高免疫力，而非依靠藥物。