室間隔缺損如果沒有出現肺血管病變且能夠及時手術治療，通常患者壽命與正常人群基本相同；如果患者已經出現肺血管病變，如肺動脈高壓，臨床表現為嚴重乏力、運動障礙或皮膚青紫等癥狀，即使手術治療，患者病情亦不會得到較大緩解，壽命相對縮短；對于較大室間隔缺損如果沒有及時手術，早期即會出現反復呼吸道感染、肺炎、心衰表現，患兒壽命亦會縮短；對于特大室間隔缺損，通常在嬰兒期即會夭折。