甲狀腺微創消融術的副作用、并發癥較少，手術可以保護正常的甲狀腺組織不受損害，但術中、術后可引起相關副作用，如出血、神經以及血管損傷、發熱反應、疼痛，發生幾率低，可以對癥處理。如術后適當使用止痛藥，可緩解疼痛不適；給予動脈加壓30分鐘到兩個小時，可以避免出血的發生；輕微發熱反應，不需特殊治療，2-3天可以自動消失；神經、血管損傷屬于嚴重并發癥，但手術操作規范，隔離液注射準確，一般均可避免發生。手術后患者恢復快，一般1-2天即可恢復正常工作。