一般來說，口腔潰瘍在綜合性醫院應就診于口腔科，在口腔專科醫院應就診于口腔黏膜科。口腔黏膜科除了可以診治口腔潰瘍外，還可以診治扁平苔蘚、白斑、紅斑、黏膜下纖維化、盤狀紅斑狼瘡等疾病。臨床上很多內科疾病（白血病、貧血，血小板減少性紫癜）、感染性疾病（結核、梅毒、艾滋病）、皮膚病（天皰瘡、類天皰瘡、多形紅斑、扁平苔蘚）也是在就診于口腔黏膜科偶然發現而得到治療的。