抗甲狀腺過氧化物酶抗體為自身免疫損傷的標志物，是診斷甲狀腺自身免疫性疾病的首選指標。若其有所增高，代表體內存在自身免疫的破壞。孕婦若出現抗甲狀腺過氧化物酶升高，而甲狀腺功能在正常參考范圍，可選擇動態觀察甲狀腺功能變化。若在升高的同時，出現促甲狀腺素下降，血清游離T3、T4升高，表示合并甲亢，此時應接受抗甲亢藥物治療；若甲狀腺素升高同時，血清游離T3、T4下降，表示合并甲減，應進行甲狀腺激素的補充治療。