肛周膿腫多通過肛腸科醫生指診判斷。進行處理前，還需進行多項檢查明確，包括血常規檢查，膿腫患者常出現白細胞及中性粒細胞升高；肛管直腸彩超，可直觀判斷和評估肛管膿腫的范圍及走行，指導醫生手術。手術中可取膿液進行細菌培養，明確細菌類型，指導臨床用藥；對腐壞組織進行病理檢查，病理檢查為診斷的金標準，可幫助疾病的診斷及預后。