免疫組化的目的主要為進一步判斷病變是否為癌癥，并非代表一定為癌癥。例如宮頸疾病常進行p16檢測，在與萎縮性或非典型劃分病變不易區別時，若p16顯示強陽性則提示病變可能為高級別的上皮內瘤變或癌。免疫組化一般是用于判斷組織來源，而并非完全判斷腫瘤性質，可通過HE染色判斷。免疫組化有時可助于判斷腫瘤性質，如p53、KI-67等，正常組織無p53表達，而KI-67檢測，可根據其增殖指數進行分析。