治療月經不調應首先去除器質性疾病，如子宮肌瘤、黏膜下肌瘤、子宮肌腺癥、卵巢囊腫或宮頸疾病，排除器質性疾病導致的月經不調；檢查有無內分泌疾病，下丘腦、垂體、卵巢、子宮性腺軸控制月經，隨雌激素、孕激素、促卵泡生成素、促黃體生成素、泌乳素、睪酮等激素消長，內膜出現消長，可通過控制內分泌環境控制月經周期，內分泌疾病的治療需使用激素治療藥物，包括雌激素、補佳樂、芬嗎通、孕激素、黃體酮針劑、口服黃體酮、達芙通、安琪坦、及其它口服黃體酮制劑，通過雌孕激素等藥物治療月經不調。