腸功能紊亂能否自愈，一般與它發生的機理有一定的關系。如屬于短期的腸道功能失調，則可通過自身調節實現自愈。如已超過6個月，甚至多年的腸功能紊亂，則很難自愈，還需通過藥物進行干預治療。治療藥物需根據患者的癥狀進行選擇，如患者有腹痛癥狀，需適當使用解痙藥，如曲美布汀、匹維溴銨；如患者伴隨腹瀉或便秘，也應對癥治療。