內鏡下結直腸息肉切除手術風險較小，常見的風險包括：出血、穿孔、切除失敗、藥物過敏，以及心臟不良反應、麻醉風險等。治療前，患者需進行心電圖及血液方面的檢查，篩選出存在手術風險的患者，并告知風險性。篩選后進行切除手術的主要風險為出血及穿孔。如患者出現出血情況，可進行內鏡下止血；如有穿孔發生，可進行內鏡下縫合，如縫合失敗，或需進行外科手術治療。