腎結石最重要、最嚴重的并發癥是疼痛，從輕微疼痛、脹痛到腎絞痛，絞痛意味著劇烈疼痛、滿頭大汗、疼痛難忍。其治療根據癥狀嚴重程度決定，甚至需要手術、止痛藥、輸液利尿，甚至經過內腔鏡碎石緩解疼痛。腎結石還有一個并發癥為泌尿系感染高燒，也需要即刻用抗炎治療。總而言之，根據不同表現對癥治療，結合X光表現、結石部位、有沒有積水決定治療方法。