一旦發現畸胎瘤建議手術治療，手術方式應根據患者年齡、生育要求來選擇。對于年輕、有生育要求的患者，通常需要進行畸胎瘤剝除手術，保留卵巢；而對于年齡較大，如60歲以上的絕經后女性，以及卵巢功能減退的女性，建議切除患側卵巢，或選擇保留卵巢手術。臨床上，常見陰式手術及傳統開腹手術進行畸胎瘤剝除，另外，也可應用單孔腹腔鏡下卵巢畸胎瘤剝除術。