腦脊液的細胞數是一個重要的指標，通常正常的腦脊液腰穿結果，可以看到的細胞數在5x10^6個/升這個范圍以內，也就是正常狀態下，腦脊液有細胞，但是如果細胞出現異常，才能代表疾病的狀態。比如說細胞數的升高，通常看到的病毒性腦膜炎，細胞數升高程度比較輕，常常在100x10^6個/升以內，如果細菌性感染，可以很高，大于1000甚至上萬的細胞數，結核性的和霉菌性的常常介于兩者之間。對于細胞類型要重視，比如說通常的分法是單個核細胞，也就是常說的淋巴細胞，還有多個核的細胞，比如說感染相關的細胞，還可以有異型的細胞，可以去區分。比如說病毒性感染，早期可以出現中性粒細胞的增高，但是后面更多的是單個核的淋巴細胞的增多。細菌性的常常是中性粒細胞的增高，而且曾經持續性地增高。對結核來講，可以有淋巴細胞、漿細胞等細胞類型的存在。同時要注意病原體的檢測，比如說結核有時候可以染出來結核抗體染色出現陽性。霉菌可以出現墨汁染色的陽性，腫瘤可以出現腫瘤細胞，也就是異型的細胞類型。有時候出血性疾病可以檢出大量的紅細胞，也可以幫助診斷，例如蛛網膜下腔出血。