間質性膀胱炎的確切病因目前尚不完全清楚，大多數專家最近10年的研究表明，以下因素與間質性膀胱炎相關：1、膀胱內慢性感染：幾乎所有間質性膀胱炎病人，在診斷間質性膀胱炎前，均有不同程度的尿頻、尿急、尿痛癥狀，或者在尿常規檢測時發現大量白細胞，因此，各種類型的慢性膀胱感染可能會誘發間質性膀胱炎；2、肥大細胞浸潤：肥大細胞是過敏反應中起重要作用的一類細胞，能夠釋放出組胺，所以會導致膀胱內周圍的血供增加以及容易出血等一系列表現；3、上皮通透性改變：膀胱內可以儲存尿液，但這些尿液很難滲入膀胱壁內，因為上皮黏膜有很好的封閉特點，患有間質性膀胱炎時會破壞這層屏蔽，所以尿液中有毒的成分可能會進入膀胱上皮內，可能導致間質性膀胱炎；4、其他因素：包括神經源性膀胱學說，認為間質性膀胱炎其實屬于盆底內臟疼痛綜合征的一種。綜上假說都反映，目前對間質性膀胱炎的認識依然不是非常透徹。