一般腸系膜淋巴結結核基本上不考慮手術治療，針對早期腸系膜淋巴結結核，因為增生性較小，基本以內科治療為主，口服抗結核藥物進行治療。如果局部有炎癥表現，可以輔助抗炎治療，通過全身性的治療，加以營養支持，一般可以治愈。如果淋巴結結核出現破潰或短期內增大，造成壞死膿液流到腹腔內，引起急性腹膜炎的表現，則需要急診手術治療；如果沒有破潰或化膿性改變，但是淋巴結結核已發展較大時，甚至達到直徑2-3cm，對小腸的腸管可能造成壓迫，引起梗阻癥狀，亦需要手術處理；部分患者結核腫大壓迫腸管周圍的供給血管，可引起局部腸壞死，需要進行手術。