腦深部電刺激的適應癥包括原發性帕金森病、肌張力障礙、癲癇等疾病，國內最常用于原發性帕金森病的治療。目前該療法已涉及精神領域，如難治性強迫癥，效果較好，還可用于抽動穢語綜合征、重度抑郁癥、神經性厭食等疾病的治療。另外，部分醫院還將其用于戒毒，但國家對該治療法有控制。近年來腦深部電刺激治療方法正在逐漸發展，臨床也在探討該療法是否可用于其他疾病的治療，如老年癡呆等。