角膜炎的治療首先是根據病因治療，所以要明確引起角膜炎的原因。臨床上通常在診斷為角膜炎后，要進行角膜潰瘍的刮片，甚至再培養，也可以在顯微鏡下染色觀察是否有真菌的菌絲等。同時在培養時，還可以進行藥敏試驗，確診引起角膜炎的病因。明確病因以后，可以進行有針對性的抗細菌、抗真菌或者抗病毒的治療。另外還可以使用一些角膜修復劑，包括細胞生長因子、人工淚液，血清制劑等藥物，治療角膜的炎癥。