CT引導下穿刺活檢的禁忌癥很少，絕對禁忌癥是患者生命垂危，穿刺可危及生命，相對禁忌癥是嚴重心肺疾病，如肺內病灶需要穿刺活檢，但患者伴隨肺大泡，穿刺過程中可導致肺大泡破裂，因此可以選擇較細的穿刺針，穿刺后將針道封堵，即可避免肺大泡破裂。病灶部位被其他組織遮擋，如血管，無法進行穿刺，可以通過注射方法將血管撐開或者變換進針部位，繞過遮擋組織。穿刺活檢依據病情、部位選擇穿刺針，如骨活檢風險較小，可采用2-3mm穿刺針。