絕大部分蛋白尿患者有腎小球疾病，需用糖皮質激素治療；若效果不佳，還需使用環孢素、他克莫司或嗎替麥考酚酯等免疫抑制劑；若較嚴重可用利妥昔單抗等生物制劑治療。蛋白尿患者治療的療程需根據其對藥物的反應進行分析，針對腎病綜合征患者，會有激素敏感、激素依賴及激素耐藥等不同的表現。若患者激素耐藥則預后欠佳，出現腎功能衰竭時還需進行透析治療，而部分蛋白尿患者則對藥物較為敏感，較快即可痊愈。