肛周膿腫最常見的并發癥是瘺管形成，瘺管由內口、外口和管道組成。瘺管分為高位復雜性瘺管、高位單純性瘺管、低位單純性瘺管、低位復雜性瘺管、會陰瘺管，低位單純性瘺管較常見，占50%-60%。高位復雜性瘺管多出現于坐骨直腸間隙或坐骨盆腔間隙，內口位于直腸環，直腸環損傷可引起大便失禁。因瘺管形成早期積極使用抗生素，高位復雜性瘺管的發病率明顯降低。瘺管形成后，藥物治療無效，應積極手術，高位復雜性瘺管可采用掛線療法，即利用橡皮筋將瘺管結扎，起到引流、緩慢切除瘺管的作用，可避免直腸環損傷。