小柴胡通常不用于治療咳嗽，主要是該藥不屬于對證治療范疇。小柴胡湯來自《傷寒論》，用于治療風寒外感侵犯人體后出現的癥狀，發病過程為由太陽到陽明，最后到少陽。少陽屬于半表半里證，因感受到寒邪出現一系列寒熱往來癥狀，時冷時熱，還會伴有頭暈目眩、兩脅疼痛、口苦、胸悶等癥狀。雖目前小柴胡顆粒也常用于治療感冒，可起到解表作用，對于治療散表邪和清熱也有一定力度，但是作用不強烈，尤其此藥藥性以入中焦為主，因此不適合緩解上焦和肺的癥狀，通常也不會用于治療咳嗽。治療咳嗽的藥物較多，如清肺藥、宣肺藥，甚至止咳類的川貝枇杷制劑，而無需使用小柴胡顆粒治療咳嗽。對于寒性咳嗽，可以使用通宣理肺丸，對于熱性咳嗽、感冒咳嗽，可以使用羚羊清肺丸、銀翹解毒片、桑菊感冒片等。