臨床上，肛周膿腫手術費用經報銷后，個人負擔大約為3000-4000元。肛周膿腫單純手術費約為1000元以下，但因患者病情、地區差異，檢查、其它輔助治療也有所差異，所以總費用差異較大。肛周膿腫手術具有兩種手術方式，即切開引流、根治性肛周膿腫切除術，兩者收費差別較小，總治療費用因患者病情、地區、就診醫院級別、是否有醫保有較大區別。