反流性食管炎的治療以質子泵抑制劑為主，如奧美拉唑、埃索美拉唑等，輕癥患者一般口服藥物4周左右，重癥患者口服藥物8周，必要時可以采取雙倍劑量口服。若因賁門括約肌松弛，或食管裂孔疝所致的下食管括約肌解剖異常所引起者，服藥時間相對延長，甚至終身服藥，停藥會導致反流癥狀持續甚至加重，出現反流性食管炎的合并癥，如食管癌、巴雷特食管的發生。但臨床并不建議終身或長期口服PPI制劑，必要時可以考慮手術治療。