膽汁反流和反流性食管炎屬于兩類疾病，反流性食管炎由于賁門口松弛，導致胃酸通過賁門口反流至食管，進而引起食管出現燒灼感；膽汁反流指膽汁由十二指腸通過幽門口反流至胃內。因此二者的發病機制不同，反流性食管炎損害胃黏膜和食管黏膜的物質為胃酸，而膽汁反流性胃炎損害胃黏膜和食管黏膜的物質為膽汁。但膽汁反流如突破賁門口反流至食管，也會引起與反流性食管炎同樣的食管黏膜損害，且兩者鏡下表現一致。